Непосредно пред 5. октобар Милорад Улемек Легија се више пута састао са челницима ДОС-а, Зораном Ђинђићем и Небојшом Човићем. На дан протеста 5. октобра, ЈСО је одбио послушност дотадашњем режиму чиме је пружио подршку ДОС-у. Јединица се на кратко појавила када су припадници јединице из возила поздрављајући протестанте прошли кроз масу што је испратила телевизија. Након тога припадници јединице су се, током прелазног периода смене власти, појављивали у јавности у пратњи нових власти.
Дана 1. априла 2001. године, ЈСО је учествовала у хапшењу Слободана Милошевића а том приликом је ћерка Слободана Милошевића пуцала, а метак је окрзнуо Милорада Улемека Легију.